全军消化研究所的临床和内镜、介入水平均跻身国内一流行列，以开拓“胃肠、肝脏、胆囊、胰腺”国际、国内领先技术为宗旨，专注于消化道早癌、慢性胃炎、消化性溃疡、慢性肝病及肝硬化（尤其是胆汁淤积性肝病）、炎症性肠病以及胰腺疾病的诊治。开展的主要特色技术有：（1）胃肠疾病：消化道早癌及良性肿瘤的内镜诊治（包括EMR/ESD,STER,NOTES等手术）；消化道狭窄的内镜治疗；贲门失弛缓症PMOE手术治疗；（2）肝胆疾病：胆汁淤积性肝病早期诊断与治疗、肝硬化食道胃底静脉曲张破裂出血的内镜下治疗及肝硬化门脉高压、脾功能亢进的血管介入治疗（TIPS手术）；慢性肝病终末期肝功能不全的干细胞移植治疗等综合治疗。（3）胰腺疾病：急慢性胰腺炎早期诊治。此外，除普通门诊外，还开设有专病特色门诊：消化内镜微创治疗门诊，肝硬化门脉高压门诊，炎症性肠病门诊、黄疸与肝硬化门诊。

科研特色：

以“基础科研源于临床，服务于临床”为理念，主要研究方向包括（1）胃癌及其癌前病变的发生机制研究（2）消化道早癌的内镜诊治研究（3）慢性肝病晚期并发症，尤其是胆汁淤积性肝病的分子机制与治疗探索（4）肠道炎症性疾病的的基础和临床研究。先后获得国家科学技术进步二等奖1项，中华医学科技进步一等奖1项，重庆市自然科学一、二等奖各1项，重庆市科学技术进步一等奖1项，军队及省部级科技进步二等奖20余项。获国家自然科学基金面上项目、青年基金资助70余项，省部级课题资助20余项。在国际顶级权威杂志Hepatology、J. Hepatol、Cancer Res、Oncotarget、JBC等发表SCI论文80余篇。全军消化病研究所在中国医学科学院颁布的2015年中国医院科技影响力排行榜消化病学全国排名第9，是重庆市消化界唯一上榜科室。同时，与美国耶鲁大学肝脏中心、英国诺丁汉大学消化病研究中心、加拿大多伦多大学生物化学系等有密切的科研合作。